La ley 8/2002, de 30 de octubre, de creación del IMIDA, le confiere la condición de organismo autónomo, teniendo como fines el impulso de la investigación y el desarrollo tecnológico, así como el ejercicio de la actividad investigadora.

El diseño de la estructura trata de posibilitar una gestión adaptada a las necesidades y peculiaridades de la investigación y desarrollo de los sectores a los que se dirige, buscando la sinergia con otros centros de idénticos fines.

El IMIDA cuenta con los siguientes órganos:

• Directivos:
  • El Consejo del Instituto (ver composición en art. 7 de Ley 8/2002, de 30 de octubre).
  • El Director del Instituto: Andrés Antonio Martínez Bastida
  • El Gerente del Instituto: José Manuel Conesa Gallego
• De asesoramiento:
  • La Junta Asesora (ver composición en art. 12 de Ley 8/2002, de 30 de octubre).
  • La Comisión Científica (ver composición en art. 14 de Ley 8/2002, de 30 de octubre).

Bajo la dependencia del Director se encuentra el Gerente.

Dependen del Gerente del Instituto las siguientes unidades:

• Servicio de Gestión Económico-Administrativa, el cual se estructura en:
  • Jefatura de servicio
  • Sección de Personal y de Régimen Interior. 
  • Sección de Gestión Presupuestaria. 
  • Sección de Apoyo y Mantenimiento. 
• La Oficina de Transferencia de Resultados de la Investigación (OTRI). Antonio Aroca Martínez

Seis departamentos de investigación ejercen las funciones de planificación, coordinación, dirección y control de los equipos de investigación adscritos a ellos.

• Departamento de Acuicultura y Tecnología de la Producción Animal.
• Departamento de Bioeconomía, Agua y Medio Ambiente.
• Departamento de Biotecnología, Genómica y Mejora Vegetal.
• Departamento de Desarrollo Rural, Enología y Agricultura Sostenible.
• Departamento de Protección de Cultivos.
• Departamento de Producción Vegetal y Agrotecnología.

Los equipos de investigación son los ejecutores de las acciones y actuaciones en materia de investigación y desarrollo de tecnología agraria y alimentaria, incluida la acuicultura marina.

• Decreto n.º 50/2023, de 16 de febrero, por el que se nombra a don Andrés Antonio Martínez Bastida, Director del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Medioambiental de la Consejería de Agua, Agricultura, Ganadería y Pesca.
• Decreto-Ley 4/2021, de 17 de junio, de simplificación administrativa en materia de Medio Ambiente, Medio Natural, Investigación e Innovación Agrícola y Medioambiental.
• Orden de 7 de marzo de 2018, del Consejero de Agua, Agricultura, Ganadería y Pesca, por la que se aprueba la denominación de los departamentos y los equipos de investigación que los integran del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario (IMIDA).
• Decreto nº 14/2006, de 17 de marzo, por el que se establece la estructura orgánica del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario.
• Decreto nº 13/2006, de 17 de marzo, por el que se aprueban los Estatutos del Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario.
• Ley 8/2002, de 30 de octubre, por la que se crea el Instituto Murciano de Investigación y Desarrollo Agrario y Alimentario (IMIDA).